باکتری های موجود در دستگاه گوارش در انتخاب نوع غذایی که افراد مصرف می کنند تآثیر گذار است. باکتری های موجود در سیستم گوارشی به نوعی می توانند رفتارهای غذایی میزبان خود را تحت تسلط خود درآورند تا میزبان با انتخاب غذایی خاص وضعیت بقای آن ها را بهبود بخشد. باکتری ها یا با ایجاد میل شدید به نوعی خاص از غذا که برایشان لازم و مفید است منجر به از بین رفتن باکتری های رقیب می شوند و یا با ایجاد بی قراری شدید تا زمانی که غذایی خاص مصرف شود رفتار غذایی بدن را تحت کنترل خود در می آورند. چربی و قند که از زیان بارترین مواد غذایی برای انسان ها هستند از جمله مواد غذایی اند که باکتری ها به مصرف آن ها گرایش بیشتری دارند.
