معمولاً اگر آبسه¬ها و عفونت¬هایی اطراف مقعد باشد باید آن آبسه و یا چرکی که در آنجا وجود دارد، حتماً تخلیه بشود، اگر فیستول در اطراف مقعد باشد، درمان اولیه¬اش درمان دارویی است. اگر تا 6 ماه خوب نشد، ممکن است که نیاز به جراحی داشته باشند. بیماری‌های تکاملی در این نواحی یعنی مقعد بسته باشد یا مقعد نابجا باشد، حتماً اصلاح جراحی می¬خواهند و یک مراحلی دارد که این کودکان حتماً باید به جراح کودکان و یا مراکزی که جراح کودکان است، مراجعه کنند تا برنامه¬ی درمانی برای آن¬ها انجام بشود.
در برخی از اختلالات تکاملی ما باید در همان ساعت¬های اولیه، عمل جراحی را انجام بدهیم، به-خصوص زمانی که مقعد کودک بسته باشد. چون این کودکان برای این‌که راه دفع برای آن¬ها ایجاد بشود، باید بلافاصله بعد از تولد مشاوره¬ی تولد در کودکان، برای این کودکان داده شود و باید این کودکان از بیمارستانی که در آن هستند و امکانات جراحی ندارند به مراکزی که این امکانات رادارند بفرستند.
